Amestris, pays connu pour ses grandes batailles livrées contre les rebelles et les autres pays qui l'entourent se voit de nouveau menacé par une invasion imminente et massive de deux pays. En effet les dirigeants d'Aruego et de Drachma ont signés une alliance pour pouvoir mettre enfin à terre le pays commandé par le généralissime King Bradley, commandant suprême des armées d'Amestris et ainsi mettre fin à son règne. Pour y parvenir, Drachma envoie une grande partie de ses troupes vers la forteresse de Briggs pour y faire une diversion pendant qu'un groupe de soldats s'infiltre dans ce pays en passant par le Nord d'Aruego, c'est à dire le sud du pays visé.
Ils ont pour mission d'infiltrer l'armée de Bradley pour tenter un coup d'Etat, mais ce n'est pas tout, le pays de l'Alchimie se voit subir de nombreuses pertes un peu partout dans les villes suite à des attentats terroristes causés par un groupe se faisant appeler les "Illuminés". Ces derniers ne sont qu'en réalité des membres des deux armées étrangères qui recrutent en masse des personnes de différent coin du pays pour "montrer" leur mécontentement envers les actions commissent par les Soldats. Ils n'ont qu'un mot d'ordre : "Libérer Amestris de l'Alchimie et des militaires qui tuent les innocents pour sauver leur sois-disant patrie".
La suite ?